摄入钙过少与容易骨折有关。咖啡因对钙吸收的不良影响非常小，喝1-2勺牛奶就足以弥补了。所有证据显示，中量喝咖啡不会改变对钙的消化吸收，不会增加尿钙排泄，也不会从大便中丢失。如果每日摄入咖啡超过1升，尿钙排泄和钙丢失就会增加，但将牛奶加到咖啡里面就可以解决这个问题。
适量咖啡因摄入不会对骨代谢产生直接影响。适量咖啡因摄入不会引起老年人骨质疏松，也不会增加骨折的风险。一些研究显示，髋部骨折的风险与大量摄入咖啡因（超过4杯/日）有中度相关性，而其他研究认为，摄入钙、牛奶、磷、蛋白、维生素C、咖啡因与髋部骨折无相关性。
这些研究还认为，儿童和青少年时期进行运动有益于预防这类骨折。绝经与骨密度减少、骨质疏松有关，吸烟会加重这种情况，这是因为钙吸收降低所致。中量摄入咖啡因不会有影响，但是，老年人和绝经后女性必须避免大量摄入咖啡因。
超过500毫克/天的咖啡因会引起骨质疏松，不过只限于那些每天饮食中钙摄入量不到800毫克的女性。老年人每天缺乏牛奶摄入与骨质疏松有关，每天2到3杯咖啡加牛奶就可以预防骨质疏松了。
