水果变坏的的原因可以分成三类：一是由于磕碰引起的机械性损伤；二是由于低
温引起的冻伤；三是由于微生物侵染引起的霉变腐烂。
碰伤的水果
上述三类损伤中，机械性损伤最常见。因为碰撞变软的部位，细胞发生了破损，一些无色物质被转化为深色物质，使得伤口呈现出特别颜色（其实，切开的苹果不立即吃完，也会变成褐色）。碰伤的水果只是不好看而已，只要在碰撞后短时间内吃完（别让细菌在上面繁殖），这类“坏水果”并不会影响我们的健康。
冻伤的水果
在冰箱里面放过的香蕉，会变得又黑又软，这也是因为细胞破损所致。如果没有细菌去抢占这些破损细胞的营养，这类坏果也是相对安全的，虽然味道和口感会差一点。不过，由于细胞破损，流出的营养物质给致病微生物、特别是真菌的生长提供了良好条件，一旦被霉菌侵占，性质就不同了。
霉变的水果
与碰伤、冻伤不同的是，霉变的水果，垃圾桶才是它们最好的归宿。特别需要注意的是，把霉变部位去除再食用也未必安全，因为霉菌产生的展青霉素可以扩散到果实的其他正常部位。这样看来，还是把已经霉变的水果都送进垃圾桶更保险。
变味的水果
除此之外，我们还经常碰到一些变味的水果。比如，放久的苹果散发出了酒味，还能不能吃？如果在外观上没有明显的异常，口感上还可以接受，本着节约的原则，还是可以吃的。因为，水果（特别是苹果）在长期储存过程中，可能因为缺氧，转而进行无氧呼吸，将苹果内部的糖类物质转化为酒精。于是，我们就闻到酒味了。这里还要同那些已经变软变黑发出酒味的苹果区别一下，因为，这种发酵的苹果上很可能存在其他有害菌，这样的水果最好按照霉变水果处理。
切好的水果 许多人吃水果爱买切好的，既可以控制量，又不用麻烦，虽说方便，但预先切开的水果容易流失营养及受细菌污染。水果中的维生素C易氧化，高温及阳光都会使其流失，而预先去皮、切开的鲜果营养成分可能会减低;而且处理不当，用刀具切开没有清洗的新鲜水果时，受污染的水果外皮的细菌会经刀传递。另外，切开的水果如果在室温下存放太久，也会滋生细菌。在购买水果时尽量买未切开的水果。如果一定要购买切开水果，应留意包装是否完整、是否摆放在冷藏位置，以及是否过期等。另外，这类水果也难排除由坏水果加工而成的可能性。
