微生物是自然界中分布广的生物，它广泛存在于陆地、水域、空气及动、植物体内、体表。它的分布以土壤中多。由于土壤具备了微生物生长、繁殖，以及生命活动所需的营养物质、水分、空气、酸碱度、渗透压和温度等诸多条件，因此形成了微生物的适环境。可以说，土壤是微生物的天然培养基，微生物种类多，数量大，是人类丰富的菌种资源库。
水是一种良好的溶剂，水中溶解和悬浮着多种无机盐和无机物质，能为微生物提供营养并使其生长、繁殖。因此，水是微生物栖息的第二天然场所。
由于空气中没有微生物生长、繁殖所必需的物质，相反，日光中的紫外线还有强烈的杀菌作用，因此，空气不是微生物生活的良好场所，但空气中却飘浮着许多微生物。由此可见，土壤、水、空气等环境条件的不同决定着微生物的数量和种类。
我国地域广阔，南方和北方的气候差异很大，其中微生物分布的种类、数量也有很大的差别。南、北方是以秦岭、淮河一线作为分界线，界南为南方地区，界北为北方地区。南方地区大部分属于亚热带季风气候，气候湿润，雨水多，水量充足，土壤为红壤或黄壤;北方地区属于温带季风气候，半湿润地区，气候干旱，土壤多为棕壤。
制曲环境不同会导致曲药微生物群系发生较大的改变，而相同的制曲环境会使微生物群系存在一定程度上的相似性。南方湿热的环境会使曲药中的曲霉占优势，北方干热的环境则会使曲药中的根霉占有一定数量，制曲环境是影响微生物群系构成的一个重要因素。
由于南北气候的差异，其环境中微生物的种类、数量也不同，因此，必须因地制宜，如果采取同样的方法制曲、酿酒肯定是行不通的，必须结合本地的气候特点制定适合自己的工艺。
